无公害农产品是指产地环境、生产过程和产品质量符合国家有关标准和规范的要求，经认证合格获得认证证书并允许使用无公害农产品标志的未经加工或初加工的食用农产品。无公害农产品生产过程中允许使用农药和化肥，但不能使用国家禁止使用的高毒、高残留农药。
绿色食品是指遵循可持续发展原则，按照特定生产方式生产，经专门机构认定，许可使用绿色食品标志商标的无污染的安全、优质、营养类食品。绿色食品在生产过程中允许使用农药和化肥，但对用量和残留量的规定通常比无公害标准要严格。
有机食品也叫生态或生物食品等，是指来自于有机农业生产体系，根据国际有机农业生产要求和相应的标准生产加工，并且通过合法的、独立的有机食品认证机构认证的农副产品及其加工品。有机食品的主要特点来自于生态良好的有机农业生产体系，有机食品的生产和加工，不使用化学农药、化肥、化学防腐剂等合成物质，也不用基因工程生物及其产物，因此，有机食品是一类真正来自于自然、富营养、高品质和安全环保的生态食品。
这三种食品的区别在于其生产标准要求的不同。在食品质量认证中，对无公害食品、绿色食品、有机食品的要求是逐级递增的。也就是说，有机食品的标准最高，绿色食品次之，无公害食品最低。
有关三者具体区别，您也可查看食品伙伴网的一系列文件：无公害食品、绿色食品及有机食品常用标准汇总。